Programación en Python

Preparación del entorno de desarrollo

  1. Instalación del entorno de desarrollo: instalar Anaconda y PyCharm CE
  2. Configurar y cambiar el entorno virtual
  3. Importar paquetes: pip install & import
  4. Crear un directorio si no existe: os.start(…) os.mkdir(…)
  5. Control de versiones: CVS
  6. Entorno virtual para Python -m venv nombre_entorno
  7. Test unitarios

Lectura de datos

  1. Lectura y escritura de ficheros: csv, facta

Estructuras de datos

  1. DataFrames: import pandas as pd     datos = pd.DataFrame(columns=(‘datos1’, ‘datos2’))
  2. Matrices: import numpy as np datos = np.array([[1,2,3],[4,5,6]])
  3. Listas: list(), [1,2,3], append(), extend(), remove(), count(), index(), set()

Conceptos propios de Bioinformatica

  1. Segmentador de secuencias de nucleótidos

Entornos de desarrollo

  1. PyCharm
  2. Eclipse
  3. Spyder (incluido en anaconda)
  4. Aton

Otros

  1. Funciones
  2. Bucles: for, while
  3. Incluir agrumentosargparse. Ejemplo: copiar.py fichero_origen.txt fichero_destino.txt

Referencias

 

Autor: Diego Calvo