Computerome

Acceso a Computerome

Acceso sin entorno gráfico

ssh dibarre@computerome.cbs.dtu.dk

Pass + Pass code (mensaje al movil)

Acceso con entorno gráfico

ssh -Y dibarre@computerome.cbs.dtu.dk

Pass + Pass code (mensaje al movil)

Comandos de computerome

Módulos

module avail: Muestra los módulos disponibles.

module avail anaconda: Muestra toda las posibles versiones de un módulo en concreto.

module load anaconda2/4.0.0: Carga el modulo.

module unload anaconda2/4.0.0: Elimina el módulo de los modulos cargado.

more .bashrc: visualiza lo que el usuario tiene precargado al acceder al terminal.

Minimamente tener precargado moab, torque y tools

module load tools
module load torque
module load moab
module load anaconda3/4.0.0

Para modificar el fichero de precarga abrir con un editor de texto (gedit) e incluir los anteriores modelos al final del documento

 

module apropos NGS: buscar módulos que contengan NGS (es casesensitive)

module display anaconda2/4.0.0: Obtener información de un módulo en concreto

Procesos

top: Proporciona información de los procesos corriendo en computerome.

Trabajos interactivos

iqsub: Carga un trabajo interactivo

Ejemplo básico

1. Abrir la terminal en versión gráfica

2. Crear el script de python gedit test1.py con el siguiente código de ejemplo:

from argparse import ArgumentParser
import sys
import os
import urllib.request as p
# ArgumentParser
parser = ArgumentParser()
# Argument positional with description
parser.add_argument('file_input', help='help insert file')
parser.add_argument('file_output', help='help insert output file')
# Asign the parser elements
args = parser.parse_args()
# If the file exists
if args.file_input != None and args.file_output != None:
  # Read the file with the name introduced by parameter
  path = open(args.file_input,'r')
  char_input_txt = path.read()
  print(char_input_txt)
  # Write in output file
  f = open(args.file_output, 'w')
  f.write(char_input_txt)
  f.close()
else:
  sys.stderr.write("Please, introduce the name of the file!\n")
  sys.exit(2)

3. Crear el fichero a leer gedit file.txt con el siguiente código de ejemplo:

Hola mundo

4. Abrir una terminal interactiva con el comando:

iqsub

5. Ejecutar el script de python

python test1.py file.txt file_output.txt

 

Trabajos en cola

xmsub

xmsub: crea un script que para solicitar trabajos a computerome

Ejemplo: Crear trabajo interactivo con 5gb de memoria, un nodo, un procesador, que se ejecuta en una hora y especificar el nombre del trabajo.

xmsub -I -l mem=5gb,nodes=1:ppn=1,walltime=3600 -N mitrabajo1

Ejemplo: Crea un trabajo que copia el entorno

-V Copia el entorno de trabajo

-l define el tipo de maquina a usar, en este caso 125gb de memoria, un nodo, 28 procesadores

-W y -A define el grupo que ejecuta el trabajo

-r en caso de error volver a correr

-N definir el nombre del trabajo

-ro definir el fichero de salida

-re definir la salida de error

-de define el script a correr más sus argumentos

-d directorio de ejecución

xmsub -V -l mem=12gb,nodes=1:ppn=28,walltime=86400 -W group_list=pr_46614 -A pr_46614 -r y -N fungi6 -ro file_output.txt -re file_error.txt -de python $HOME/CNN/1_donwload_data.py $HOME/refseq/ fungi

qsub

qsub: crea un script que para solicitar trabajos a computerome

qsub -W group_list=pr_46614 -A pr_46614 -l nodes=1:ppn=23,mem=10gb,walltime=86400 download_fungi.sh File download_fungi.sh #/bin/bash python $HOME/CNN/1_donwload_data.py $HOME/refseq/ fungi

http://wiki.bio.dtu.dk/computerome/index.php/Batch_System#Script_file_example

Estado de los trabajos

qstat: consultar el estado de los trabajos

Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
13022677.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1       dibarre         00:00:00 Q batch
13022678.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1       dibarre         00:00:00 R batch
13022788.risoe-r04-sn064.cm.c mitrabajo1       dibarre         00:00:00 C batch

Q en cola

R En ejecución

C terminado

qstat -a: proporciona más información sobre el estado de los trabajos

showq: Muestra el estado de los trabajos: Running, Hold, Idle, BatchHold,…

showq -u dibarre: para ver solo los de un usuario en concreto

Copiar ficheros al servidor de Computerome

scp -r /Users/diego/Documents/test/CNN/ dibarre@computerome.cbs.dtu.dk:/home/people/dibarre/

http://wiki.bio.dtu.dk/computerome/index.php/Batch_System

Ver los PATHs de un usuario

env | grep dibarre