Ejemplo de mapa de calor en R

Gráfico de mapa de calor de 2 variables

# Cargar librerias
library(reshape2)
library(ggplot2)

# Generar la matriz
nombre_genes <- paste(rep("Gen", 10), LETTERS[1:10], sep="_") # rows
nombre_patientes <- paste(rep("Paciente", 5), seq(1,5,1), sep="_") # columns
valores <- data.frame(genes = nombre_genes, matrix(rnorm(50, 2, 1.8),nrow = length(nombre_genes), ncol = length(nombre_patientes)))
names(value_expression)[2:(length(nombre_patientes)+1)] <- nombre_patientes

# Reorganizar el dataframe
df_heatmap <- melt(valores, id.vars = "genes")
names(df_heatmap)[2:3] <- c("paciente", "nivel")
head(df_heatmap)

# Pintar el gráfico
ggplot(df_heatmap, aes(paciente, genes )) +
  geom_tile(aes(fill = nivel), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") +
  ylab("genes ") +
  xlab("pacientes") +
  theme(legend.title = element_text(size = 10),
        legend.text = element_text(size = 12),
        plot.title = element_text(size=16),
        axis.title=element_text(size=14,face="bold"),
        axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) +
  labs(fill = "Nivel")
Mapa de calor en R

Autor: Diego Calvo